JonAS pirmininkas – vienasmenis valdymo organas renkamas visuotinio susirinkimo metu slaptu balsavimu dviejų metų kadencijai. Jis atstovauja sąjungos santykiuose su valstybinėmis institucijomis, jaunimo organizacijomis, kitais juridiniais ir fiziniais asmenimis.